En la naturaleza todo funciona integradamente, nada se pierde ni desperdicia. Lo que se produce se transforma y posteriormente se regenera. Finca integral La Esperanza está orgullosa por imitar las relaciones que existen naturalmente entre plantas y animales. Se reciclan todos los desechos y remanentes de los diferentes sistemas productivos. El proceso de reciclaje que se practica en finca La Esperanza ayuda a cultivar productos de superior calidad sin dañar la tierra ni el medioambiente.
La producción de desechos en las fincas convencionales puede ser muy dañina para el medioambiente, contaminando aguas superficiales y el aire. Con la intención de minimizar el impacto negativo, finca La Esperanza emplea dos métodos de tratamiento de boñiga para su transformación en abono.
Uno de estos métodos es el uso de la técnica de vermicultura, que utiliza lombrices rojas de California para convertir el estiércol en abono rico en nutrientes. Finca La Esperanza también utiliza el biodigestor, un aparato que procesa los desechos fecales de los cerdos y de las vacas para producir biogás. El biogás compuesto principalmente de gas metano se utiliza en la finca para pasteurizar la leche, esterilizar los equipos de ordeño, y para cocinar en la mini-cocina en donde son atendidos los turistas que visitan la finca. El biogás también se transforma en un biofertilizante que se usa para abonar los cultivos, pastos y las plantas de la finca.